ssDNA/RNA 环化连接酶为热稳定的DNA/RNA连接酶,不依赖于ATP,可催化单链DNA或单链RNA的环化,也可催化其分子间连接,但其对单链DNA的连接效率更高。环化反应中,要求催化底物单链DNA/RNA具有5’-磷酸基团和3’-OH基团。对于大于15nt的单链底物,该酶都能高效的连接。该酶还可催化DNA或RNA分子与预腺苷化的DNA接头之间的连接,另外,在ATP过量的情况下,该酶可使DNA/RNA分子腺苷化。
本公司ssDNA/RNA环化连接酶是重组表达,并经多步纯化制备的重组蛋白。
活性定义
1个活性单位为60°C下1小时内催化1pmol 5’-磷酸化Oligo (55mer)完全环化所需的酶量。
活性测定条件
30mM Tris-acetate (pH 7.5), 60mM potassium acetate, 1mM DTT,65℃温育。
浓度:100U/ul
保存条件:-20℃可保存2年,避免反复冻融
特点与应用
产品包装规格及组成
Component | AE1358A | AE1358B |
ssDNA/RNA环化连接酶 | 2kU | 10kU |
10×环化酶Buffer | 0.2ml | 1.0ml |
50 mM MnCl2 | 0.2ml | 1.0ml |
质量控制
经过严格的质控检测,无单链DNA核酸外切酶、核酸内切酶、RNase和磷酸酶污染。
酶贮存缓冲液
20 mM Tris-HCl, pH 8, 50 mM KCl, 1 mM DTT and 0.1 mM EDTA, 50% glycerol.
使用实例:
反应组分 | 体积或浓度 |
10×CircLigase Buffer | 2ul |
50 mM MnCl2 | 1ul |
5’磷酸化 ssDNA/RNA | 10-100 pmol |
CircLigase (100 U/μl) | 1-2ul |
H2O | Xul |
总体积 | 20ul |
2)65℃×60min反应,
3)加入1 µl Proteinase K, 37°C温育15min,或85°C加热10min失活酶,或加入10mM EDTA终止反应。Proteinase K 有助于释放被连接酶结合的RNA。
4)尿素变性PAGE电泳检测连接产物,或按实验目的进行后续操作。
经典环化结果(50nt ssDNA)如下
泳道1为未加环化酶,2为加入环化酶,3为环化产物加入ExoI酶消化产物。
警告: 本产品仅限科研实验使用,临床应用安全性和有效性未鉴定,不可用于医疗临床诊断。
注意事项
l 添加终浓度20-50μM的ATP可提高环化效率(ATP终浓度高于 20μM 以上时会极大抑制环化效率,甚至导致环化失败),高于1mM ATP浓度会抑制连接反应。
l 对于单链DNA产物的连接,需要加入终浓度2.5mM MnCl2。
l 5’端未磷酸化的底物不能用于连接,3’端无-OH的底物不能用于连接。即环化底物 ssDNA 或 RNA 必须带有 5’磷酸基团,3’端含有 OH。
l 对于含有二级或复杂结构的连接底物,可加入0.4~0.8 M Betain以提高连接效率。不过本公司结果表明Betain没有提升连接效率。
l 该酶对底物碱基具有选择性,5’末端连接效率: G > A >>> T (U)>>> C,3’末端连接效率T(U) > A > G,当3’端的碱基为C时不能用于连接,几乎无连接产物。
l 本酶对 ssDNA 和 RNA 的环化效率极高,多数情况下, 90%以上的底物被环化。未被环化的 ssDNA 可通过加入 5U 本公司Exonuclease I(AE2202),37°C 消化 15min 去除,以获得高纯度的环化 ssDNA。未环化的 ssRNA,可利用本公司的RNase R去除。
l 对于连接底物量较少的实验来讲,推荐缩小体系,而不是减少酶的用量。在小体系实验时注意体系的蒸发,可加入矿物油以防止蒸发。